آيت‏اللَّه سيد مصطفي خميني در 12 رجب 1349 قمري در شهرستان قم ديده به جهان گشود. پس از اتمام دروس ابتدايى، به فراگيري دروس اسلامي پرداخت، دوره سطح را در محضر اساتيدي چون حائري، صدوقي، سلطاني و شيخ محمد جواد اصفهاني گذارند. در 21 سالگي مشغول دروس خارج گشته و از محضر آيت‏اللَّه بروجردي، پدر بزرگوارش امام خميني(ره) و محقق داماد استفاده كرد. حاج سيدمصطفي خميني در علم رجال و تاريخ، اطلاعات گسترده‏اي داشت. معظم له علاوه بر مقام و درجه‏اي كه در فقه و اصول داشت، در علوم معقول، فلسفه و كلام نيز متبحّر بود. هم‏چنين آثاري از ايشان به يادگار مانده است كه مكاسب محرّمه، تفسير قرآن، القواعد الحكميه و كتاب البيع از آن جمله‏اند. آيت‏اللَّه مصطفي خميني همراه و همگام با پدر بزرگوارش عليه استبداد مبارزه كرد و سرانجام از سوي عُمّال شاه، مسموم شد و در نجف اشرف به شهادت رسيد.